Pragoprojekt vznikl v roce 1969 v rámci federalizace Československa oddělením pražské pobočky společnosti Dopravoprojekt se sídlem v Bratislavě. Jeho skutečné začátky je však možno najít ještě o 20 let dříve, kdy v tehdejším Stavoprojektu vznikl první specializovaný ateliér pro dopravní stavby. Společnost dostala v prvopočátku do vínku skupinu obchodně, technicky a koncepčně velmi schopných odborníků, kteří díky svému nadčasovému uvažování položili pevný základ pro vybudování stabilní a prvotřídní projektově inženýrské společnosti, schopné řešit problematiku dopravních staveb komplexním přístupem.
Společnost se od počátku specializovala na projektování dopravních staveb, související poradenskou činnost a průzkumy, s důrazem na přípravu dálničních a silničních staveb, brzy po vzniku společnosti byl založen ateliér pozemních staveb a v dalších letech se spektrum aktivit rozšířilo také o řešení problematiky zavádění systémů městské hromadné dopravy (tramvaje, trolejbusy), provádění diagnostiky stavebních konstrukcí, řešení tehdy nové problematiky ochrany životního prostředí, provádění inženýrských činností a vývoj a tvorbu vlastního softwarového systému pro projektování silničních a dálničních staveb, včetně programů pro výpočty mostních objektů.
Pragoprojekt působil od počátku jak na celém území tehdy ještě Československa, tak i v zahraničí. Pohlédneme-li na mapu dálniční a silniční sítě dnešní České republiky, není dálnice nebo silnice, jejichž stavbu nebo rekonstrukci by nepřipravoval nebo se na ni v určitém stupni zpracování nepodílel. Řada významných dopravních i jiných staveb byla úspěšně realizována právě podle projektů, které vznikly na stolech či obrazovkách jeho projektantů. Byly to studie i projekty dálničních staveb, staveb na základní silniční síti, obchvaty a průtahy měst, mosty a tunely, trolejbusové a tramvajové systémy a trati, dopravní závody, novostavby i rekonstrukce budov, čerpací stanice pohonných hmot, územní plány měst a obcí, dopravní průzkumy, návrhy na řešení křižovatek i dopravy v klidu a mnoho dalších.
Za dobu svého působení učinilo vedení společnosti Pragoprojekt řadu strategických rozhodnutí, která významně přispěla k dosažení jejího současného stavu a pozice na trhu. Bezesporu k nim patří orientace na práci v zahraničí, kam byly postupně, zejména v 70. letech, vyslány desítky odborníků podílejících se na přípravě, řízení i realizaci velkých dopravních staveb. Hlavní oblastí zájmu tehdy byl Střední východ, ale řada zakázek se realizovala i v ostatních evropských zemích nebo v Asii. Ze zahraničních akcí je kromě početné účasti expertů z řad společnosti na výstavbě mostů a silnic v Iráku třeba zmínit i další aktivity v Afghánistánu, Íránu, Alžíru, Sýrii, Laosu a v neposlední řadě i aktivity spojené s přípravou dálnice v trase Hedvábné cesty přes území Uzbekistánu.
Následným strategickým krokem bylo také vybudování důstojného sídla společnosti v Praze přestavbou bývalé viniční usedlosti Ryšánka včetně jeho špičkového vybavení.